北京大學創(chuàng)辦于1898年，是戊戌變法的產物，也是中華民族救亡圖存、興學圖強的結果，初名京師大學堂，是中國近現(xiàn)代第一所國立綜合性大學，辛亥革命后，于1912年改為現(xiàn)名。

在悠久的文明歷程中，古代中國曾創(chuàng)立太學、國子學、國子監(jiān)等國家最高學府，在中國和世界教育史上具有重要影響。北京大學“上承太學正統(tǒng)，下立大學祖庭”，既是中華文脈和教育傳統(tǒng)的傳承者，也標志著中國現(xiàn)代高等教育的開端。其創(chuàng)辦之初也是國家最高教育行政機關，對建立中國現(xiàn)代學制作出重要歷史貢獻。

作為新文化運動的中心和五四運動的策源地，作為中國最早傳播馬克思主義和民主科學思想的發(fā)祥地，作為中國共產黨最初的重要活動基地，北京大學為民族的振興和解放、國家的建設和發(fā)展、社會的文明和進步做出了突出貢獻，在中國走向現(xiàn)代化的進程中起到了重要的先鋒作用。愛國、進步、民主、科學的精神和勤奮、嚴謹、求實、創(chuàng)新的學風在這里生生不息、代代相傳。

1917年，著名教育家蔡元培就任北京大學校長，他“循思想自由原則，取兼容并包主義”，對北京大學進行了卓有成效的改革，促進了思想解放和學術繁榮。陳獨秀、李大釗、毛澤東以及魯迅、胡適、李四光等一批杰出人士都曾在北京大學任教或任職。

1937年盧溝橋事變后，北京大學與清華大學、南開大學南遷長沙，共同組成國立長沙臨時大學。1938年，臨時大學又西遷昆明，更名為國立西南聯(lián)合大學。抗日戰(zhàn)爭勝利后，北京大學于1946年10月在北平復員。

中華人民共和國成立后，全國高校于1952年進行院系調整，北京大學成為一所以文理基礎教學和研究為主、兼有前沿應用學科的綜合性大學，為社會主義建設事業(yè)培養(yǎng)了大批杰出人才，在23位“兩彈一星”元勛中有12位北大校友。

改革開放以來，北京大學進入了穩(wěn)步快速發(fā)展的新時期，于1994年成為國家“211工程”首批重點建設大學。1998年5月4日，在慶祝北京大學建校一百周年大會上，黨中央發(fā)出了“為了實現(xiàn)現(xiàn)代化，我國要有若干所具有世界先進水平的一流大學”的號召，之后啟動了建設世界一流大學的“985工程”。在這一國家戰(zhàn)略的支持和推動下，北京大學的發(fā)展翻開了新的一頁。

2000年4月3日，北京大學與原北京醫(yī)科大學合并，組建了新的北京大學。原北京醫(yī)科大學的前身是創(chuàng)建于1912年10月26日的國立北京醫(yī)學專門學校，1903年京師大學堂設立的醫(yī)學實業(yè)館為這所國立西醫(yī)學校的誕生奠定了基礎。20世紀三、四十年代，學校一度名為北平大學醫(yī)學院，并于1946年7月并入北京大學。1952年在全國高校院系調整中，北京大學醫(yī)學院脫離北京大學，獨立為北京醫(yī)學院。1985年更名為北京醫(yī)科大學，1996年成為國家首批“211工程”重點支持的醫(yī)科大學。兩校合并進一步拓寬了北京大學的學科結構，為促進醫(yī)學與理科、工科以及人文社會科學的交叉融合，改革創(chuàng)新醫(yī)學教育奠定了基礎。